影片故事发生在《哥斯拉：怪兽之王》之后，魔斯拉、翼龙拉顿、三头龙基多拉和哥斯拉混战并非故事的终点。在怪兽横行地球的时代，人类为了自己的未来，让哥斯拉和金刚两个大怪兽互相对抗。帝王组织找到了怪兽发源地，尝试一项大胆的任务，意图消灭所有怪兽，但这一任务风险和危机共存。