第二次新吉翁战争（夏亚的叛乱）终结后已经过了12年，现在是U.C.0105 为了对抗地球联邦内部不断深化的腐败现象，青年哈萨维 诺亚决定带领反地球联邦政府组织 马夫蒂 向地球联邦举起反抗的旗帜。然而，在遇到联邦军大佐凯奈斯和谜之美少女琪琪后，他的命运发生了翻天覆地的变化。