在出任州长期间，胡亚雷斯致力保护印第安人的权利，可是在旧有的法制下，他很多时候无能为力。最后，他提出一个改革方案，要求把土地重新分配给农民，让政教分离，让穷人同样享有教育的机会。却正是因为这项提案，受到保守派的独裁者安东尼奥 洛佩斯 德 桑塔 安纳及其它成员的仇恨，把他流放到国外，胡亚雷斯到了美国的新奥尔良，在雪茄厂内当了工人。

在1854年，国内因安东尼奥 洛佩斯 德 桑塔 安纳在美墨战败割地及在1853年竟然把新墨西哥州和亚利桑那州南部以一千万美元卖了给美国的行为在国内而引起极大回响，此时身为自由派的胡亚雷斯趁机联合自由派成员制定了Ayutla计划推翻了桑塔 安纳的统治，结束了他的独裁政治生涯，没收他一切财产后把他流亡国外，自由派自此在政府取得了控制权。